北京出入境檢驗檢疫協會是經由北京市社會團體管理辦公室批準成立，由北京地區從事出入境檢驗檢疫和與出入境檢驗檢疫有密切管理的企、事業單位和有關社團組織及人士自愿組成。具有社團法人資格并按其章程開展活動的非營利性社會團體。本會受北京出入境檢驗檢疫局和北京市社會團體管理辦公室的業務指導和監督管理。
本會的前身是1995年12月成立的北京進出口商品檢驗協會，于2003年4月經主管部門批準和第二屆全體會員大會通過，更名為北京出入境檢驗檢疫協會。本會的宗旨是團結國內外致力于出入境檢驗檢疫事業的企、事業單位、社會團體以及社會各界熱心于檢驗檢疫事業發展的人士，遵守國家法律、法規和有關政策、遵守社會道德規范，在業務主管單位的領導下，發揮政府和會員單位之間的橋梁紐帶作用，促進進出口商品質量的提高，更好的為國家的對外開放和經濟發展服務。
本會的高權利機構是會員代表大會，執行機構是理事會。本屆會長阿驪同志為北京出入境檢驗檢疫協會法定代表人，負責領導協會全面工作。本會下設六個專業委員會和六個部門，即紡織專業委員會、包裝專業委員會、食品化妝品專業委員會、動植物專業委員會、國際旅行衛生保健專業委員會和報檢專業委員會。內設部門有秘書處、業務部、聯絡部、培訓部、信息科技部、會員事務部。