廣東南方船務有限公司創立于1993年，是原廣東省航運學校直屬，由廣東省交通廳領導的骨干水運企業之一。公司作為學校駕駛，輪機，電信等水上專業的實習基地，為廣東及港澳各港航企業，航運主管部門培養了大批的船員和干部。

2009年為適應市場競爭，進一步把品牌做強做大，根據國家教育部，省交通廳和財政廳的有關規定，公司進行了改制和業務重組。轉型后的南方船務從廣東再出發，將發展現代物流服務確定為基本方向，不斷地將服務網絡延伸至全中國。